自6月15日起，入境檢疫措施將調整為3天居家檢疫，接續4天自主防疫，勞動部提醒，由於4天自主防疫期間移工無法外出工作，因此雇主仍須給付薪資。勞動部並已修正「雇主於移工自主防疫期間給付工資切結書」，由雇主承諾於移工4天自主防疫期間，仍依勞動契約照付工資，否則雇主將違反工資未全額給付規定。

由於疫情影響，經濟部分別評估「製造業等4行業」、「春雨工廠股份有限公司等6家企業」之輪班人員，於特定情況下有變更輪班換班間隔休息時間之需求，商請勞動部公告，勞動部完成程序於6月13日公告，前述輪班人員可適用縮短輪班間隔至8小時，適用人數約40多萬人。

桃園雙屍命案疑似為移工地下匯兌糾紛，該案已進入司法程序，勞動部將主動配合檢調偵查，釐清案發事實與仲介糾紛關係；勞動部表示，依據金管會銀行法等規定，移工辦理國外匯兌事務，均可委託經勞動部許可仲介公司為其辦理國外匯兌服務，另已明定仲介收費標準及罰則，並每年辦理仲介專案查察，以嚇阻仲介非法收取買工費情事。

中央流行疫情指揮中心宣布，自6月15日零時起，自國外入境檢疫措施將調整為3天居家檢疫，並於檢疫期滿後接續4天自主防疫，取消原7天自主健康管理，適用於全部旅客，包含移工。不過因移工、漁工群聚風險高，須於原檢疫地點完成自主防疫，且期間不得工作，非必要不得外出，入境前48小時PCR檢測報告仍繼續維持。

勞動部10日發布解釋令，勞工使用COVID-19快篩試劑檢測陽性，在請醫師評估確認結果期間，或接受PCR採檢至接獲檢測結果期間，抑或是勞工因身體不適前往採檢院所，經醫師評估進行PCR採檢至接獲檢測結果之期間，勞工可請普通傷病假，請假天數併入住院傷病假計算，雇主應給假，且不得因此扣發全勤奬金，並自111年4月8日生效。